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生物芯片技術與實踐(簡體書)
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商品簡介

目次

來自英國劍橋大學的三位作者引用了大量的研究文獻,闡述了生物芯片技術的最新進展,比較全面地覆蓋了生物芯片的各個領域,使這項前沿技術不再神秘。
本書概括總結了生物芯片的實驗基礎、設計和制備、用于生物芯片實驗的樣本采集和標記、生物芯片雜交等最新實驗方法。
詳細討論了生物芯片實驗技術所產生的大量數據的分析方法,以及利用生物芯片所產生的數據進行差異分析、聚類和分類的科學方法。
對使用比較廣泛的幾種生物芯片,如基因組生物芯片、外顯子生物芯片、疊瓦生物芯片等,進行了有關探針設計和實驗方法的詳細介紹。
以生物芯片在醫學上的應用為重點,論述了不同種類的生物芯片在疾病研究、基因分型、藥物開發等領域的應用。
介紹了蛋白質芯片、細胞芯片和組織芯片等多種新型生物芯片的制備和應用。
本書適用于生物芯片研發應用以及分子生物學、生物化學與細胞生物學、生物信息學、系統生物學、生物醫學工程、生物技術、食品安全檢測等生命科學相關領域的學生、教學科研人員參考使用,也可供生物技術企業的研發者和決策者參考使用。
譯者序
前言和致謝
第一章 引言
1.1 技術介紹
1.2 發展概況
1.3 簡要概述
參考文獻
第二章 實驗設計基礎
2.1 生物芯片基因表達測量中的變異來源
2.2 對照和重復
2.3 實驗設計
2.4 小結
參考文獻
第三章 生物芯片的設計和制備
3.1 探針的選擇
3.2 cDNA和擴增產物探針
3.3 寡核苷酸探針
3.4 生物芯片的制備
3.5 小結
參考文獻
第四章 樣本收集和標記
4.1 樣本收集和RNA提取
4.2 RNA的質量評價
4.3 cDNA的合成
4.4 標記方法
4.5 信號放大
4.6 RNA擴增
4.7 擴增方法的比較
4.8 熒光標記樣本的質量控制
4.9 小結
參考文獻
第五章 雜交和掃描
5.1 雜交
5.2 數據獲取
5.3 信號點定位
5.4 方法比較
5.5 數據提取
5.6 質量控制基本要求
5.7 小結
參考文獻
第六章 數據預處理
6.1 預處理基本原理
6.2 系統誤差的來源
6.3 背景校正
6.4 數據過濾、標記和加權
6.5 缺失值的處理
6.6 數據轉換
6.7 空間效應的處理
6.8 Print-Tip Group Loess歸一化
6.9 二維(2D)Loess
6.10 復合Loess歸一化
6.11 加權Loess歸一化
6.12 使用重復探針增強歸一化效果
6.13 “片間”歸一化
6.14 關於質控的其他注意事項
6.15 生物芯片質量控制協會(MAQC)
6.16 外源RNA對照協會(ERCC)
6.17 EMERALD協會
6.18 Affymetrix GeneChip數據的預處理
6.19 探針校正和整合
6.20 背景校正
6.21 歸一化
6.22 小結
參考文獻
第七章 差異表達
7.1 引言
7.2 統計學推斷
7.3 參數統計
7.4 生物芯片數據的線性模型(LIMMA)
7.5 非參數統計
7.6 基因-類別檢驗
7.7 小結
參考文獻
第八章 聚類和分類
8.1 引言
8.2 相似性度量
8.3 無監督分析方法:聚類和分區
8.4 評價聚類質量
8.5 維數減少
8.6 有監督的方法
8.7 模型質量評價
8.8 小結
參考文獻
第九章 生物芯片數據的存儲和數據倉
9.1 引言
9.2 ArrayExpress數據庫
9.3 Gene Expression Omnibus(GEO)
9.4 其他數據存儲和數據倉
9.5 小結
參考文獻
第十章 基因組芯片分析
10.1 基因組芯片
10.2 外顯子芯片
10.3 疊瓦芯片
10.4 擴增子及BAC芯片
10.5 寡核苷酸疊瓦芯片
10.6 疊瓦芯片的應用
10.7 疊瓦芯片的分析
10.8 小結
參考文獻
第十一章 生物芯片技術在醫學中的應用
11.1 引言
11.2 病原體研究:瘧疾
11.3 人類疾病表達譜研究
11.4 比較基因組雜交芯片
11.5 SNPS和基因分型
11.6 小結
參考文獻
第十二章 其他種類的生物芯片技術
12.1 蛋白質結合芯片
12.2 細胞和組織芯片
12.3 蛋白質芯片
12.4 小結
參考文獻
第十三章 生物芯片的未來與展望
13.1 生物芯片技術
13.2 標記和檢測技術
13.3 成像技術
13.4 分析技術
參考文獻
索引

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