計算機輔助藥物設計理論及應用（簡體書）

《計算機輔助藥物設計理論及應用》主要介紹了與計算機輔助藥物設計相關的基礎理論和實例操作，內容涉生物化學，常用的數據庫和基礎軟件，QSAR，藥效團，分子對接，虛擬篩選，同源模建，結合自由能和能量分解，粗粒化，自由能曲面等。重在幫助學生簡單理解本學科的基本原理，然後從實驗操作入手，快速的掌握相關軟件的使用方法。從分子層次上理解蛋白質的結構-功能關係和運動性質，培養學生利用計算機技術解決和藥物有關問題的能力，並激發學生的科研興趣。《計算機輔助藥物設計入門教程》可供從事計算化學，藥物研發的科研工作者使用，也可作為藥物和計算機專業本科生、研究生的教材。

目錄
第一章 緒論（1）
第一節 新藥開發的基本途徑和方法（1）
第二節 計算機輔助藥物設計的常用研究方法（10）
第三節 計算機輔助藥物設計的常用軟件（14）
第四節 近年來CADD在藥物設計中的應用實例（19）
參考文獻（21）
第二章 計算機輔助藥物設計的相關基礎（23）
第一節 計算機輔助藥物設計的生命科學基礎（23）
第二節 計算機輔助藥物設計的藥學基礎（40）
第三節 計算機輔助藥物設計的Linux基礎（48）
參考文獻（62）
第三章 常用數據庫和基礎軟件的使用（64）
第一節 藥物設計常用數據庫（64）
第二節 藥物和靶點的三維結構顯示及繪製軟件（79）
第三節 EndNote文獻管理（85）
參考文獻（91）
第四章 基於配體的藥物分子設計（92）
第一節 定量構效關係（QSAR）（92）
第二節 藥效團模型（119）
參考文獻（125）
第五章 基於受體的藥物分子設計（129）
第一節 分子對接的原理和分類（129）
第二節 分子對接的搜索算法（130）
第三節 分子對接的打分函數（134）
第四節 分子對接的操作流程（138）
第五節 分子對接實例（144）
第六節 虛擬篩選實例（147）
參考文獻（153）
第六章 蛋白質結構預測及全新藥物設計（158）
第一節 同源建模（158）
第二節 同源模建實例（171）
第三節 蛋白質結合位點預測（178）
第四節 全新藥物設計方法（182）
參考文獻（186）
第七章 分子動力學模擬（190）
第一節 分子動力學模擬的原理（190）
第二節 恒溫恒壓分子動力學模擬與溶劑模型（196）
第三節 分子動力學模擬的主要步驟（201）
第四節 分子動力學模擬應用實例（210）
參考文獻（231）
第八章 結合自由能的計算（234）
第一節 生物大分子體系結合自由能研究的背景及意義（234）
第二節 結合自由能計算方法（238）
第三節 基於MM/PBSA自由能算法的操作實例（241）
第四節 自由能計算實例（247）
參考文獻（258）
第九章 藥物靶點的構象分析（260）
第一節 藥物靶點基礎（260）
第二節 粗粒化模型（262）
第三節 自由能曲面（275）
第四節 聚類分析（279）
第五節 自由能曲面和聚類分析實例（282）
第六節 ProDy使用（286）
參考文獻（291）
第十章 藥物設計常用的數值分析（295）
第一節 相關和回歸分析（295）
第二節 ROC曲線（305）
第三節 基於貝葉斯分類的類藥性預測（313）
第四節 Matlab在藥物設計中的應用（322）
參考文獻（337）
附錄 常用Linux計算軟件的安裝（339）
中英文對照索引（347）
附圖（363）