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《中西醫治療傳染病文獻精粹》根據每一種傳染病的中西醫診療特點，從以下12個大類目進行介紹：病原學：致病病原的生物特性、形態以及致病能力與生存環境；流行病學：按照傳染病的流行特徵從傳染源、傳播途徑、易感人群、潛伏期和傳染期等4個方面進行論述；發病機制：由西醫發病機制與中醫病因與病機兩部分組成；病理改變：疾病發生時出現的病理學改變；臨床表現：分別從臨床症狀與體征、實驗室檢查、影像學檢查、併發症等方面進行論述；診斷和鑒別診斷：依據傳染病的診斷標準提示疾病的診斷要點，另根據主要症狀與體征提示需要鑒別的疾病，同時，針對各種不同的類型提出了中醫類證鑒別；臨床處理及治療：從一般治療、對症治療、其他治療、中醫治療以及中西醫結合治療等治療途徑提出治療方法；預後：疾病的預後與結局；康復及出院標準：出院與臨床治療療效分級；預防：預防方法；中醫臨床報道：對國內中醫學術期刊上發表的中醫藥治療傳染病的臨床研究文獻進行彙集，此部分內容為每一個病的重點，在編寫過程中力求突出中醫藥特色，反映中醫藥治療傳染病的最新臨床研究進展；已發佈的中醫診療指南：結稿前已經發佈的中醫藥治療各類傳染病的指南。
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阿米巴痢疾艾滋病白喉百日咳包蟲病病毒性肝炎布魯氏菌病傳染性非典型肺炎登革熱肺結核風疹副傷寒感染性腹瀉鉤端螺旋體病黑熱病霍亂急性出血性結膜炎脊髓灰質炎甲型H1N1流感狂犬病淋病流行性和地方性斑疹傷寒流行性出血熱流行性感冒流行性腦脊髓膜炎流行性腮腺炎流行性乙型腦炎麻風病麻疹梅毒瘧疾人感染高致病性禽流感傷寒手足口病鼠疫絲蟲病炭疽細菌性痢疾新生兒破傷風猩紅熱血吸蟲病主要參考文獻
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