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本目錄共分細菌、酵母菌、絲狀真菌、放線菌，以及培養基（附錄1）、菌株編號索引（附錄2）、菌株拉丁學名索引（附錄3）、菌株中文名稱索引（附錄4）、菌種供應服務內容收費標準（附錄5）、菌種復活培養技術規程（附錄6）、參考文獻（附錄7）等11個部分。共登載了微生物菌種3292株及其相關資訊，其中細菌1403株、酵母菌980株、絲狀真菌888株、放線菌21株，涉及產品製造、品質控制、分析檢驗、生產環境保護及其它相關生產過程，適用於食品、發酵、輕化工、生物轉化、醫藥、農藥、飼料以及石油、環保等領域的科研、教育及產業。
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