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一是總論部分，分別介紹生物分子與物質代謝、內環境穩態與生理功能調節、健康與疾病發病機制、藥物發現與影響藥效因素四個總論內容，讓學生對人體機能學後續各論的內容有一個概括性瞭解，並明晰主要的學習內容。二是各論部分，主要以專題形式介紹相關內容，共有10個專題，其中的有氧運動、消化系統、泌尿系統、內分泌系統四個專題為整合式系統模塊。每個專題先介紹基本知識點，然後再拓展其在醫學、日常生活等方面的應用，並適當融入“疾病防治”的內容，注重培養學生“預防為主”的理念。三是案例分析，分三組共9個案例，通過案例分析，一方面對所學的“三基知識”進行鞏固提高，另一方面是培養學生運用多學科知識解決實際問題能力。四是實驗項目，包括機能動物實驗基本操作、機能科普實驗項目、虛擬仿真實驗項目三部分，在熟悉人體機能學“三基知識”的基礎上，進一步掌握機能學的基本實驗技能，並瞭解相關的科普實驗和新穎的虛擬仿真實驗項目，培養學生的實踐能力和現代信息技術應用能力。
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