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①全書分三部分，即緒論和疾病概論、疾病的基本病理過程和器官系統功能障礙。其中，“基本病理過程”部分從基因、細胞到複雜體系功能紊亂循序漸進地展現在不同疾病狀態下可能同時出現的、成套的並各具特徵的病理改變。②結合長學制學生基礎知識更扎實、自學能力更強、培養目標更高的目標，增加了一些疾病研究的發展史，使相關結論有據可查；增加了發病機制和防治研究的最新理論和技術進展。③注重基礎與臨床結合，在“基本病理過程”的每一章中均增加了一節，講述“與相關疾病”的關係，如“酸堿平衡紊亂與相關疾病”等；還在每一章增加了相關病例討論。④為完善病理生理學課程體系、減少與其他教材重複，以“糖代謝紊亂”和“脂代謝紊亂”替代“代謝綜合征”；增加了“炎症”；刪除了“組學與疾病”、“腫瘤”、“胃腸功能障礙”；精簡了“細胞信號轉導”、“細胞凋亡”、“細胞增殖分化障礙”，合併成“細胞功能紊亂”。⑤以配套教材增加了“知識拓展”，為學有餘力者提供相關研究更深更廣的閱讀素材。
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