《新世紀福音戰士.1,使徒、來襲》公元2015年，一個巨大的人型生物在日本登陸。出動的聯合國軍，將那生物稱作“使徒”，並予以猛烈地攻擊，但全部失敗。就連威力蕞大的N2炸彈，也只是在短時間內減緩了使徒的步伐。與此同時，一個名為碇真嗣的少年接到闊別十年的父親的信，被其父呼喚至第三新東京市地下的 NERV 本部。面對許久不見的兒子，碇司令所說的只是：“坐上EVA。”真嗣拒絕接受命令，但當他見到一位身負重傷的少女即將乘坐初號機出擊時，他改變了自己的決定……《新世紀福音戰士.2,短刀與少年》面對冷漠的父子態度，美裡提出要與真嗣同住的要求，並且對真嗣作戰的成績表示讚賞，但真嗣希望這話是出自另一人之口……在沒有受過特殊訓練的情況下，真嗣與EVA 達成同步並和使徒作戰。因為真嗣不熟悉操作，也無實戰經驗，在遭到使徒的攻擊後，為保護同學，冒險作出了一個決定……《新世紀福音戰士.3,白色傷痕》綾波麗是EVA零號機的專屬駕駛員。她在真嗣調來第三新東京市的三周前的零號機啟動實驗中，因事故受傷。在學校，她無口無心無表情的性格使得沒有人與她交往。但真嗣卻見到她微笑著與自己父親交談，於是對麗產生了興趣。第五使徒襲來，剛被發射出的初號機就遭到了高熱加粒子炮的攻擊……《新世紀福音戰士.4,明日香、來日》新的使徒來襲，真嗣和明日香奉命出擊，卻因為默契太差而被打得落花流水。為此，美裡提出了一套作戰方式，要求兩人必須住在同一所房子裡，從而培養出超佳的默契。通過培訓，真嗣看到了明日香的另一面，也改變了對她的看法！《新世紀福音戰士.5,墓碑》在母親的墓碑前，一心一意想要得到父親認同的真嗣，卻因為父親冷淡的話語，受到了沉重的打擊。意外的事情接踵而來，在擊敗第七使徒的那一天，真嗣在NERV的基地內，竟然看到了第一使徒“亞當”！人類補完計劃這個巨大沉重的計劃，將這群不知情的少男少女捲入其中，然後一步步地朝著目標邁進……《新世紀福音戰士.6,第四適任者》EVA三號機被送到NERV本部，而它的測試駕駛員――第四適任者決定由真嗣的朋友鈴原冬二來擔任，而條件是治療他妹妹的病。但是，在啟動試驗開始時卻出現了狀況，真嗣他們被命令緊急出動，然而攻擊的目標竟然是冬二的三號機！《新世紀福音戰士.7,男人的戰鬥》繼冬二事件後，心灰意冷的真嗣決定離開NERV，加持卻在此時用自己的經歷教育真嗣、並使他重新振作起來。而在與使徒的新一輪戰鬥中，
