生物資訊學－電腦技術

「生物資訊學」（Bioinformatics）是一門運用電腦計算能力與分析方法來解決生物學問題的技術。有釵h專業團體參與的「基因定序計畫」（Genome sequencing projects），每天都產生釵h生物學資料，這些龐大的資料都存放在一個共有的資料庫。諸如此類的生物學資料庫與相關文獻，其資料量至今仍以令人咋舌的速度在快速成長當中。即使是最熱心的研究人員，若沒有電腦工具的輔助，就絕不可能趕上此領域的最新資訊。而「生物資訊學」就是關於如何設計這些電腦工具。

本書是專為初次學習使用電腦運算能力來解決生物學問題的科學家而寫的，導引生物專家認識 Unix 檔案系統，製作可用於生物學和資料庫的工具，運用電算能力來解決生物學問題，並介紹 Perl 在生物資訊學、資料發掘、資料視覺化方面的應用。

本書涵說G

設置生物資訊工作站
生物學家專用的 Unix 系統
由生物序列、基因體及分子結構資料庫中找出訊息的資訊技術
辨識基因及偵測基因家族特徵樣式的工具
模擬系統發生關係、分子結構、及生物化學特性的工具
自動資料處理及資料分析的步驟
建立資料庫
資料採擷及資料視覺化的工具
無論你是初次接觸生物計算方法的學生，還是剛開始利用電腦處理資料的研究員，本書能協助你發展出處理生物資料的有效方法，並充分了解用來分析這些資料的工具。

前言 譯序 第一部分 簡介 第一章 資訊時代的生物學 電腦如何改變生物學？ 生物資訊只是建立資料庫而已嗎？ 生物學帶給資訊科學家什麼樣的挑戰？ 生物資訊學家應該具備什麼技術？ 為何生物學家需要電腦？ 如何設定 PC 來進行生物資訊研究？ 有哪些可用的資訊和軟體？ 我可以不上課就學會一種程式設計語言嗎？ 我該如何使用網路的資訊？ 我如何瞭解序列排比資料？ 我如何撰寫程式來比對兩個生物序列？ 我如何從序列資料預測蛋白質結構？ 生物資訊能夠回答什麼樣的問題？ 第二章 應用電腦解決生物學的問題 分子生物學的中心法則 生物學家的模型 為何使用生物學者的模型？ 本書所涵蓋的電腦資訊學方法 計算生物學實驗 第二部分 生物資訊工作站 第三章 建立你的工作站 在 Unix 系統上工作 設立 Linux 工作站 如何使軟體正常運作 那些軟體是必需的？ 第四章 Unix 系統中的檔案與目錄 檔案系統的基礎 處理目錄與檔案的命令 在多人的環境下作業 第五章 在 Unix 系統下工作 Unix Shell 在 Unix 系統上下達命令 檢視與編輯檔案 轉換與過濾器 檔案統計與比較 正規表示式的語言 Unix Shell Script 與其他的電腦溝通 在共享的環境中，與其他使用者和平共處 第三部分 生物資訊的工具 第六章 全球資訊網中的生物研究資源 使用搜尋引擎 搜尋科學論文 公用生物學資料庫 搜尋生物資料庫 將資料登錄至公共資料庫 尋找軟體 評斷資訊的品質 第七章 序列分析、逐對序列排比、及資料庫搜尋 生物分子的化學組成 DNA 及 RNA 的組成 Wason 和 Crick 解出 DNA 結構 DNA 定序方法的發展 基因搜尋器（Genefinder）與 DNA 的特徵偵測 DNA 轉譯 逐對序列比較 以序列查詢生物資料庫 多功能的序列分析工具 第八章 多重序列排比、親緣樹、與 Profile 由形態分類到分子序列分析 種屬親緣分析 Profile 與 Motif 第九章 蛋白質結構的視覺化與結構特性計算 關於蛋白質結構資料的幾句話 蛋白質化學 Web 介面的蛋白質結構工具 結構視覺化 結構排比 結構分析 溶劑作用性與交互作用 計算理化特性 結構最佳化 蛋白質資源資料庫 整合方案 第十章 由序列預測蛋白質的結構與功能 決定蛋白質的結構 預測蛋白質的結構 蛋白質序列的特徵偵測 二級結構預測 預測立體結構 整合方案：蛋白質模型建立計劃 第十一章 基因體學與蛋白質體學的研究工具 由基因定序到基因體定序 序列組合 從 Web 上取用基因體資料 註解與分析全基因體序列 功能基因體學：新的資料分析挑戰 蛋白質體學 生化途徑資料庫 動力模擬與生理學 總結 第四部份 資料庫與視覺化 第十二章 利用 Perl 進行自動化資料分析 為何使用 Perl？ Perl 基礎知識 樣式比對以及正規表示式 利用 Perl 分析 BLAST 的輸出 將 Perl 應用到生物資訊 第十三章 建立生物學的資料庫 資料庫的類型 資料庫軟體 SQL 入門 安裝MySQL 資料庫管理系統 資料庫設計 開發與資料庫互動的 Web 式軟體 第十四章 視覺化與資料採擷 準備數據 檢視圖形 序列資料的視覺化 網路與途徑的視覺化 數值資料的處理 資料採擷與生物資訊 參考書目 索引