生物信息學：序列與基因組分析(第二版)（簡體書）

隨著越來越多物種的基因組被測序，這些數據的計算分析變得越來越重要。本書應用數學方法分析DNA和蛋白質序列。Mount認為利用計算機程序進行運算的工作者應該理解這些程序是如何運行的。所以，他強調對運算法及這些法則與策略局限性的理解。每章都有計算的流程圖，網站上還提供了與書中一致的表格和一些運算程序。第二版對本書進行了全面知識更新，本版的讀者群更加廣泛，包括本科生、研究生。新版書中加入了導讀、信息提示和詞匯，利於初學者學習。新加入一章內容，包括序列的統計分析、生物信息學程序、數據管理與挖掘。每章後的問題實例分析更增加了本書的實用性。

第二版的生物信息學（序列與基因組分析）比第一版的讀者更廣泛，它不僅面向想學計算和統計方法的生物學家，而且也適用於想學生物學的、尤其是遺傳學和基因組學的計算生物學家。章節指南介紹了每一章所需的基本計算學（統計學）和生物學背景，接著是本章要學習內容的提綱，後面提供網絡資源（表格和正文中仍會顯示相關URL），習題部分用於強化本章概念和相關技術。最後，所有網絡資料都均用文字形式表述出來，放在一處。所有原來的章節都經過了相應的更新、修改和重寫。
第二版裡增加了三章新的內容。原來第三章裡的序列比對的概率和統計分析現在單列為第四章，並增添了以序列分析為基礎的假設檢驗和預測準確性檢驗。第12章和第13章涵蓋了原來沒有的Perl語言編程和芯片分析。這些比較高級的內容需要讀者有一定的專業背景，但可增加各生物信息學最相關內容。增添的內容代表了國際前沿進展，是本書第二版寶貴的補充。在此，我非常感謝Arizona大學的同事們貢獻了這些章節的內容。一遍遍修改潤色非常耗時、艱苦，可他們總是非常合作，不吝時間。
第12章由Nirav Merchant和Susan Miller提供，他們是經驗豐富的計算機系統和軟件專家。本章具體敘述了使用和編寫Perl腳本和模塊滿足不同任務，也包含了數據格式和建立關係數據庫等內容。這章裡列舉的許多Perl腳本例子都可以從此書網站上直接下載作為項目模板使用。我們希望第12章可以作為很多實用Perl程序的起點以支持大規模基因組項目。
第13章由統計學家David Henderson博士提供。他擅長QTL分析、試驗設計和統計分析，並在芯片試驗方面具有豐富的經驗。本章旨在幫助生物學家從芯片的基因表達數據中提取重要的信息。通常生物學家不習慣於設計涉及大量數據的試驗以及從這些試驗中提取信息。芯片試驗麻煩的原因有兩種：一是表達數據有各種來源的背景噪音，在復雜噪音中尋找哪個基因表達有差異是很困難的事；二是芯片試驗的結果往往是一長串混亂的難以分類的基因。我們為解決這兩種問題提供思路：一是為去除噪音達到特定科研目標來設計試驗提供指導；二是敘述了尋找顯著性表達差異基因的方法；三是介紹了相關分析方法，包括基於不同標準尋找、驗證不同分類標誌（生物標誌）的聚類方法。最後提供了實現這些目標的程序資源。基於這些背景知識，第13章旨在指導試驗設計使其產出盡可能多的有用信息。
大家對第一版的建設性評論也有益於第二版的改進。第一個是日本的Yasushi Okazaki先生，他在將此書譯成日文的同時提了很多建議和修改意見。在不同場合提供幫助的還有John Clark，Gabriel Dorado，Dan Flath，Toni Kusalik和Etsuko Moriyama。
此書離不開我生物信息學的同事Ritu Pandey和Rob Klein的支持以及Arizona大學的經濟支持，尤其是Vicki Chandler，Gene Gerner RichHoff。謝謝Walt Klimecki在圖11.2提供的幫助和Roger Miesfeld在圖9.13A的協助。我也很感激Beck Nickerson給許多章節提出的批評和建議。Pick WeilLau幫助我們校對了圖片庫，Eric Shen從本書網站上收集整理了意見。
最後，要感謝冷泉港實驗室出版社的員工的支持。沒有他們的努力此項工作不可能如此成功。Judy Cuddihy改進了章節的格式，對全文做了極其有益的建議，並給予了大量的鼓勵、支持使此書能按時完成。Mary Cozza指導我整理了參考書目。

CHAPTER 1 歷史簡介和概論
CHAPTER 2 Collecting and Storing Sequences in the Laboratory
CHAPTER 3 Alignment of Pairs of Sequences
CHAPTER 4 Introduction to Probability and Statistical Analysis of Sequence Alignments
CHAPTER 5 Multiple Sequence Alignment
CHAPTER 6 Sequcence Database Searching for Similar Sequences
CHAPTER 7 Phylogenetic Prediction
CHAPTER 8 Prediction of RNA Secondary Structure
CHAPTER 9 Gene Prediction and Regulation
CHAPTER 10 Protein Classification and Structure Prediction
CHAPTER 11 Genome Analysis
CHAPTER 12 Bioinformatics Programming Using Perl and Perl Modules
CHAPTER 13 Analysis of Microarrays
Index