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2012年本所共計發表26篇SCI報告，完成10項技術移轉與獲得1項專利；創新育成中心有8家廠商簽約進駐；本所與國立臺灣海洋大學聯合辦理「吳郭魚生產技術與產業發展研討會」，吸引產、官、學界百餘人熱烈參與；由國立臺灣海洋大學主辦、本所協辦的「第15屆東亞鰻魚資源協議會」，臺、日、韓相關學者專家與決策者應邀與會，就鰻魚資源的銳減原因與合作課題進行深入研討，本所有多位同仁出席並發表相關研發成果；應邀參與各項重要展覽，落實研發成果的宣導與推廣等。本所銜命組成的「水產種苗」與「觀賞魚」兩大研發團隊，因為績效卓著，榮獲101年度農委會十大研究團隊重大研發實績獎。
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