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本書包含目前應用廣泛的12個教學實例：7個量子化學範疇的實例和5個統計力學範疇的實例，涵蓋從電子尺度、分子及分子聚集體尺度到生物大分子體系跨尺度的仿真模擬實習，不但涉及模型的構建、分子光譜、化學反應機理探討、液體微觀結構、動力學性質和熱力學常數的計算，而且包括蛋白質的分子識別、藥物的靶向輸運及分子自組裝等涉及物質科學的結構和性能多方面的熱點問題。採用的方法既有量子力學方法和密度泛函理論(DFT方法)、分子動力學方法(MD)，也有拉伸分子動力學方法(SMD)、反應分子動力學方法(RxMD)以及粗粒度模擬的方法(CG)。
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