Olex2軟件單晶結構解析及晶體可視化（簡體書）

《Olex2軟件單晶結構解析及晶體可視化》介紹單晶解析基礎理論，應用圖形界面化程序Olex2 為平臺，解析單晶結構。運用包括最通用和經典的 Direct Methods，Patterson Method 兩種算法，以及新發展的 Charge Flipping，Intrinsic Phasing，Structure Expansion 和 Dual Space 算法，展示新算法在解析結構方面的優勢。並進一步提供同步輻射測試數據以及不同衍射儀原始圖片數據還原的處理方法。介紹最新基於 olex2 最新插件包括 drawplus，reportplus等的使用，逐步實現晶體的解析各種晶體學信息的提取及自動生成發表文章所需要的各種表格及數據。提供實例講解解析晶體結構的完整過程。

魏永革，北京大學化學系理學博士，美國密蘇裡大學-堪薩斯城分校化學系博士後，現任清華大學化學系教授、博士生導師，國家傑出青年基金獲得者。曾兼任中國晶體學會理事、中國晶體學會小分子專業委員會委員。主要從事多金屬氧簇的合成、結構與化學修飾、多金屬氧簇有機衍生物化學、多金屬氧簇的可控分子組裝與超分子自組裝、分子磁學與分子基磁性材料、光電活性的有機/無機雜化分子材料等研究。主持完成國家自然科學基金重大研究計劃培育項目“多金屬氧簇亞胺雜化分子光電轉換晶態材料的設計合成與性能研究”，國家自然科學基金傑出青年科學基金項目“多金屬氧簇及其有機衍生物化學”、國家自然科學基金面上項目“Anderson型多金屬氧簇的不對稱修飾及可控組裝研究”、“有機無機雜化的新穎手性多金屬氧簇材料的設計合成與性能研究”、“多金屬氧簇脂肪亞胺衍生物與多金屬氧簇簇促進的碳氫鍵活化和官能團化”、“多金屬氧簇納米簇與金屬納米簇的合成、結構、組裝與性能”等5項，國家自然科學青年基金項目“多金屬氧簇類化合物的化學修飾-多鉬-氧簇的氮配體官能團化”等。發表SCI收錄論文150餘篇，獲得授權發明專利10餘項。

第1章 Olex2軟件的介紹、配置、優缺點及引用 1 1.1 Olex2軟件的介紹 2 1.2 Olex2的配置 2 1.3 Olex2的圖形化界面及各個選項卡和按鈕的作用 3 1.4 Olex2基本操作 13 1.5 Olex2的優缺點 15 1.6 Olex2的引用 16 1.7 Olex2 的更新 16 第2章 單晶衍射點數據APEX3與CrysAlisPro還原流程 17 2.1 APEX3數據還原過程 18 2.2 CrysAlispro數據還原過程 28 第3章 Olex2軟件單晶結構解析整體流程 43 3.1 建立文件夾，運行XPREP程序 44 3.2 利用Solve進行初解結構 49 3.3 利用Refine進行結構精修 52 3.4 給原子進行編號、排序 54 3.5 原子加氫 55 3.6 精修權重 57 3.7 解析的合理性 58 3.8 生成cif文件及檢測cif文件 59 3.9 產生結構信息報告 61 3.10 總結 62 第4章 解析實例 63 4.1 利用Solve-ShelXS中的重原子法Patterson Method進行解析 64 4.2 置換無序處理 79 4.3 手性晶體絕對構型的確定與翻轉 91 4.4 孿晶及孿晶矩陣拆分 99 4.5 無序的處理及限制命令的應用 108 4.6 晶體空間群變換及對稱性檢查 115 第5章 cif文件的詳細解析、檢測及CCDC號的申請 123 5.1 cif格式詳細講解 124 5.2 cif文件的檢測 133 5.3 cif檢測出現的A、B等類警告的講解 136 5.4 一些常見A類警告及解決辦法 140 5.5 CCDC號的申請 143 5.6 CCDC、ICSD的使用 149 第6章 晶體結構畫圖 157 6.1 ShelXTL軟件畫圖 158 6.2 Diamond軟件畫圖 170 6.3 Mercury軟件畫圖 175 第7章 三維拓撲結構分析 177 7.1 [Ln(H2O)7][Ln(H2O)5][Co2Mo10H4O38]拓撲結構分析 178 7.2 (C2N2H10)2[Sr(H2O)5][Co2Mo10H4O38]·2H2O拓撲結構分析 186 7.3 (C2N2H10)2[Ba(H2O)3][Co2Mo10H4O38]·3H2O拓撲結構分析 191參考文獻 198