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高等製藥工程課程定位和目標是培養在理論和應用研究等方面富有創新精神和實踐能力的高級工程技術人才。培養學生研究型學習模式，以及其自我獲取科學知識的手段，還引導學生自主學習。教學的主要內容是在本科藥學以及製藥工程相關課程教學的基礎上進一步以系統理論、方法和案例結合的形式向本專業的研究生講授製藥工程學科的工作任務、方法、有關重要理論與實踐，建立學生學習從事有關製藥工程工作以及藥學相關工作的科學認識觀和實踐論。課程的主要重點在於理論與實際的結合,抓住製藥工程學的工藝，設備和設計三大核心主線；內容上涵蓋化學製藥，中藥（天然藥物）製藥和生物製藥和藥物製劑工程。
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