基因組時代的數量和群體遺傳學（簡體書）
商品資訊
ISBN13：9787511651716
出版社：中國農業科學技術出版社
作者：王貴
出版日：2021/04/01
裝訂／頁數：平裝／256頁
規格：24cm*17cm (高/寬)
版次：一版
商品簡介
群體遺傳學是研究群體的遺傳結構及其變化規律的學科，試圖了解等位基因和基因型的頻率如何以及為什麼會隨著時間的推移在群體內和群體之間發生變化。其研究物件是生物群體，這裡的群體是指門德爾氏群體。它是由同一物種組成的較大的有性繁殖群體。群體內的個體間是隨機交配的，遵循門德爾遺傳規律。醫學研究群體遺傳是要探討遺傳病的發病頻率、遺傳方式及其基因頻率和變化的規律，從而了解遺傳病在群體中的發生和散布的規律，為預防、監測和治療遺傳病提供重要的信息和措施。它是生物學的一個分支，對進化變化是如何發生的提供了深刻和清晰的理解。如今，在不斷尋求了解復雜疾病易感性的遺傳變異基礎的過程中，群體遺傳學顯得尤為重要。許多影響連鎖基因的等位基因頻率和等位基因之間關聯的因素首次在果蠅和其他模式生物中得到了表征，但同樣的原理幾乎適用於所有的生物。
高通量測序技術已使獲取幾乎所有生物的大規模遺傳數據集成為可能，從而需要用於處理這些數據的計算工具和功能集。雖然通常會很好地描述用於將原始數據處理為SNP的生物信息學工作流程，但分析和解釋所得SNP數據集的路徑可能不太清楚。理解這門學科需要具備一定的數學和統計學知識。
R語言及其庫實現了多種統計和圖形技術，包括線性和非線性建模，經典統計測試，時間序列分析、分類、聚類等。R功能很容易擴展，並且R社區以其在軟件包方面的積極貢獻而著稱。在書中，讀者將學習可測試進化中性理論的經典種群遺傳統計學，然後通過動手實踐，編寫自己的R代碼，以對真實的樣本SNP數據集進行分析。只要有可能，在書中我們針對統計學知識和R語言的實現就盡可能地詳細解釋，或者至少說明反映不同概念的方程式的依據。重點放在編程基礎和算法設計上：這些技能超出了在課堂上學習的特定計算範圍。在書中，建議每個讀者都要完成一個獨立的項目。
作者簡介
梅步俊（1978-），男，漢族，出生於內蒙古自治區呼和浩特市，副教授；現任河套學院農學系動物科學教研室副主任（正科）；2006年9月~2009年7月就讀於內蒙古農業大學動物科技學院，所學專業為動物遺傳育種與繁殖，獲農學博士學位；2009年10月~2012年8月於中國農業大學動物科技學院做博士後研究，從事畜禽統計基因組學研究；2015年6月~2016年7月在美國愛荷華州立大學動物科學系做訪問學者；在國內外期刊發表論文20餘篇，獲得10項計算機軟件著作權，出版著作一部。
序
數量遺傳學是采用數理統計和數學分析方法研究數量性狀遺傳的遺傳學分支學科。動植物具有進化價值和商業價值的絕大多數性狀都是數量性狀，因此數量遺傳學有助於理解生物的適應和進化，為生物資源的遺傳改良和認同提供必要的工具。人類的許多疾病也是數量性質的，所以數量遺傳學的研究是他們理解的基礎。遺傳規律與生物統計學以及其他數學分支結合起來，解釋數量性狀的遺傳規律和生物發展的規律，從而豐富和充實了遺傳學和進化論。由於經濟性狀絕大多數是數量性狀，所以研究數量性狀的遺傳變異對於育種實踐具有重要的指導作用。
群體遺傳學是研究群體的遺傳結構及其變化規律的學科，試圖了解等位基因和基因型的頻率如何以及為什麼會隨著時間的推移在群體內和群體之間發生變化。其研究物件是生物群體，這裡的群體是指門德爾氏群體。它是由同一物種組成的較大的有性繁殖群體。群體內的個體間是隨機交配的，遵循門德爾遺傳規律。醫學研究群體遺傳是要探討遺傳病的發病頻率、遺傳方式及其基因頻率和變化的規律，從而了解遺傳病在群體中的發生和散布的規律，為預防、監測和治療遺傳病提供重要的信息和措施。它是生物學的一個分支，對進化變化是如何發生的提供了最深刻和最清晰的理解。如今，在不斷尋求了解復雜疾病易感性的遺傳變異基礎的過程中，群體遺傳學顯得尤為重要。許多影響連鎖基因的等位基因頻率和等位基因之間關聯的因素首次在果蠅和其他模式生物中得到了表征，但同樣的原理幾乎適用於所有的生物。
高通量測序技術已使獲取幾乎所有生物的大規模遺傳數據集成為可能，從而需要用於處理這些數據的計算工具和功能集。雖然通常會很好地描述用於將原始數據處理為SNP的生物信息學工作流程，但分析和解釋所得SNP數據集的路徑可能不太清楚。理解這門學科需要具備一定的數學和統計學知識。
R語言及其庫實現了多種統計和圖形技術，包括線性和非線性建模，經典統計測試，時間序列分析、分類、聚類等。R功能很容易擴展，並且R社區以其在軟件包方面的積極貢獻而著稱。在本書中，讀者將學習可測試進化中性理論的經典種群遺傳統計學，然後通過動手實踐，編寫自己的R代碼，以對真實的樣本SNP數據集進行分析。只要有可能，在本書中我們針對統計學知識和R語言的實現就盡可能地詳細解釋，或者至少說明反映不同概念的方程式的依據。重點放在編程基礎和算法設計上：這些技能超出了在課堂上學習的特定計算範圍。在書中，建議每個讀者都要完成一個獨立的項目。
本書系統介紹了基因組時代群體遺傳與數量遺傳的基本理論及其在動植物育種中的應用。具體分為七章及三個附錄，王貴、梅步俊、包阿東各負責本書1/3內容的撰寫，王貴完成第一、第三、第五章和附錄三，梅步俊完成第二、第四章和附錄一，包阿東完成第六、第七章和附錄二。由於作者水平有限，不足之處敬請讀者批評指正。
本書的出版發行獲得了國家自然科學基金項目（31760660），內蒙古自治區自然科學基金項目（2019MS03092），內蒙古自治區肉羊遺傳評估方法與應用工程技術研究中心，內蒙古自治區留學回區人員科技活動項目擇優項目，河套學院引進人才科研啟動項目（HYRC2014003）．內蒙古自治區高等學校“青年科技英才支持計劃”（NJYT-17-A21），巴彥淖爾市科技創新基金項目，巴彥淖爾市科技計劃項目（BK22016），河套學院“教師教”和“學生學”專項研究項目（HTXYJXY18018），內蒙古自治區科技計劃項目（2020GG0201），巴彥淖爾市科協飛翔計劃，內蒙古自治區教育科學規劃領導小組辦公室“十三五”規劃項目（NGJGH2019291），河套學院自然科學研究項目（HYZY201932）等項目的支持。
目次
第一節 單基因座群體遺傳學基礎
第二節 數量遺傳學基礎
第三節 多樣性測量
第四節 多位點連鎖不平衡（LD）-配子（項）不平衡
練習
第二章 統計基因組學基礎
第三章 群體遺傳學基礎
第一節 基因頻率和基因型頻率
第二節 哈代溫伯格（Hardy-Weinberg）定律
練習
第四章 數量遺傳學
第一節 理論基礎
第二節 R語言計算實例
第五章 常見方差組分估計方法
第一節 AI算法
第二節 Fisher Scoring迭代
第三節 約束最大似然
第四節 最大似然法
第五節 Newton -Raphson迭代
第六節 數值示例
第六章 Python語言在生物信息學中的應用
第一節 Python的安裝、使用及基本操作
第二節 生物信息學中Python語言練習
第七章 肉羊遺傳評估方法與應用進展
附錄一 Linux基礎操作
練習
附錄二 Git簡潔教程
附錄三 Julia語言簡介
第一節 安裝Julia
第二節 Julia語言使用說明
參考文獻
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