大航海時代的台灣【最新增修版】

這是台灣華麗登上世界舞台的故事！

※台灣史經典暢銷著作
※新增12,000餘字，17頁篇章，探討台灣如何從史前末期走進大航海時代
※中央研究院院士 許倬雲專文推薦
※曾獲中國時報開卷版年度十大好書獎

從東西方海上強權首度交手開始，
台灣在貿易與戰火中，一步步寫下自己的歷史……
看遠渡而來的葡萄牙人、西班牙人、荷蘭人如何在台灣周遭角逐爭鬥，
看鄭氏家族如何與西方勢力反覆周旋，
正是在這樣的波瀾動盪中，台灣不斷地定義了自己。

四百年前，遠道而來的西方各國強權，陸續在台灣周邊海域集結，他們在此擴張勢力，與東亞原本的海上霸主爭奪地盤。一場風起雲湧的群雄爭霸，讓台灣在東西兩大世界碰撞下，扮演了關鍵角色。

本書是十七世紀發生在台灣周邊海域的英雄冒險故事；也是在西方勢力角下，決定台灣歷史命運的戰爭史詩。
十七世紀是人類歷史上的一個重要轉折時期，資本主義在荷蘭人反抗西班牙統治的戰爭歲月中發軔，從宗教和王權的束縛中解放出來的荷蘭新興商業資本，隨著葡萄牙、西班牙人的海外擴張腳步，在亞洲建立了從印尼到日本的商業王國。
在此之前，隨著人類進入大航海時代的第一波全球化浪潮中，葡萄牙人、西班牙人的東來，中國人、日本人和歐洲商人之間開始出現了互動，這種互動又因後來居上的荷蘭人的加入而愈演愈烈，最後在東亞形成了以台灣、福建和日本九州為核心的三邊貿易，並由此開啟了台灣近代的歷史。

湯錦台
苗栗公館人，大學畢業後赴美進修，後考進聯合國總部任文件譯審三十一年，公餘喜讀書論政。近年潛心研讀早期中西交流史、海洋史，先後出版了《閩南帝國》、《千年客家》等書。

推薦序

《大航海時代的台灣》是一本台灣研究領域中罕見的著作。此書不僅將台海歷史的前段有了交待，而其更重要的貢獻則是將台灣歷史放在世界史的格局中，討論西太平洋的海權競爭。台灣歷史是今日台灣的「顯學」，可是大多研究者的角度，大致限於「本土」的視野，此書則是從國際的視野，陳述台灣早期的情形。台灣歷史研究，如果都能從本土的樊囿自拔，當可將今日的台灣意識，擴大其胸襟懷抱，則於台灣今後定位及與人相處之道，更知道其中的分際。
十七世紀的大航海活動，是歐洲力量瀰漫全球的重要階段。這一段歷史，也是全球經濟網路成形的第一步。在十六世紀時，新大陸的白銀，已經透西班牙的高桅船，不斷運來亞洲，購買亞洲的商品，分別從印度洋繞過非洲，或從中美地峽由陸路轉駁到墨西哥灣，運往歐洲博取原料。中國出產的絲綢、茶葉與磁器，日本的各種工藝品（包括刀劍、織物），及南洋出產的各種香料，均是大航道上的商品。中國與日本、都因大量白銀流入，而有長期的經濟繁榮。這一現象，遂使產絲的江南，與產磁器的南部各省（包括江西、湖南、福建、廣東），成為中國最富庶地區。同理，日本的九州諸藩，也因為工藝產業發達，在大航海時代享受了前所未有的經濟繁榮。
在上述的時代背景下，本書描述的情形，或能更易理解。十七世紀的海商活動，事實上與海盜活動很難區隔。西方船隊之間，彼此攔截掠奪，已是列國海上競爭的常事。中國沿海的倭寇，其實是國際性的活動，其中頗多中國沿海的海盜。浙江閩粵沿岸，不少離島都是海上活動的基地，非中國官府號令所屬。第一代海商活動的領袖，竟是徽商許氏兄弟及王直，而不是閩粵沿海人士──這也是值得注意的事！我們必須理解：明代徽商的興起當與中國南方繁榮有不可分割的關係。徽商在金融事業獲得巨大財富，其中有人遂轉而投資國際貿易，亦即海商活動。然而，徽商必須僱用習於風波的沿海居民操舟出海；因此，徽商雖始作其俑，但幾乎立即由閩粵人士接手了。
海上活動向來是國際性的。十七世紀縱橫大洋的海商──海盜集團，其中成員十分複雜。西印度群島的海盜集團如此，中國沿海的海盜也如此！福建在中國南部，左挈浙江、右攬廣東，以福建為基地的海上活動，以其地勢，又可遠通琉球、日本，南下菲律賓與馬來半島。太平洋西岸的洋流，南下北上，因經過台灣，這一優勢遂使台灣一躍而登上國際海上活動的中繼站。閩台兩地，內外呼應，既可扼南北交通咽喉，又可聯繫大陸與海洋。這是十七世紀以來，台灣據有的形勢；至今台灣仍以此特色，以蕞爾小島，卓然自立於西太平洋。讀者如能注意到，十七世紀的時間意義與這一空間位置在當時呈現的特性，當能理解本書所述的特殊現象的來龍去脈。海南島也是中國南方的島嶼，也許因為海南不是南下北上兩條洋流流經之處，海南遂只能是大陸的延伸，不能成為海運的樞紐。
中國與南洋各地的海運交通，早在南宋已相當發達。那時應已有華人移居南洋；明初有鄭和下西洋的壯舉，今日南洋各地華人居住地區，還有以「三寶」為名的遺跡。然而，華人大量移殖南洋，仍當在十六、十七世紀以後。在明鄭時代，單以呂宋（菲律賓）一地而言，即有數萬華人聚居堤岸，並且曾經慘遭西班牙人大批屠殺。南洋若干中繼港的華人聚落沒有發展為華人殖民地，則因為中國的明清兩代政府，都是閉關心態，不能向外發展。同樣的，後來致力於帝國主義侵略行為的日本，於十七世紀也有嚴重的閉關心態；於是，豐臣秀吉繼有侵略朝鮮之舉，也有窺伺中國的野心；但是德川日本只有地方藩侯主導的海上活動，日本人口卻並未大量移往海外，建立殖民地。台灣密邇中國，遂成為中國人口唯一的海上移殖地區，而終於納入中國版圖。如果台灣島離中國距離稍遠，則移殖台灣的漢人，大約也只能像南洋華人聚落一樣，最後淪為西方帝國主義殖民地的外來人口，而未必能發揚光大，成長為一個漢人的社會。本書作者曾比較台灣與南洋華人聚落之間的歷史，也因察覺時空條件對歷史發展的影響。
總之，這是一本好書，有一貫的理念，以駕馭複雜的史事，並且甚有可讀性，值得細讀。

中央研究院院士 許倬雲
2001.1.4

再版序

上個世紀末期，基於個人的興趣，我開始了對台灣史的探索，並於世紀之交，推出了最早版本的《大航海時代的台灣》。
二十年過去了，在台灣史研究領域，推陳出新，有許多科學發現與學術創建，擴大了我們的視野。首先，學界的合作，在推論出南島語族的族源方面，取得了突破性的成果。譬如，近期，廈門大學人類學研究所與成功大學考古所的合作，對距今兩三千年前台灣古人群所作首次古DNA的研究取得了突破性的成果，推斷出他們與中國大陸壯侗語（侗傣語）人群有著非常親近的親緣關係，後經由其南向擴張，傳播了南島語。
其次，台灣本地和環南海地區多年的考古與史料發現，以及兩岸學術文化界不斷的深入研究，也給我們對台灣史前人類活動的足跡，及其與來台漢人和周邊地域的關係，提供了許多珍貴的線索。譬如，唐宋以後轉趨頻繁的中國至南海、印度洋航線，處於此航線邊緣的台灣，事實上已經融入了當時世界上最大的海洋貿易圈，而海上貿易更顯然是南島語族向海洋擴張的重要動力。史載北宋開國後與菲律賓群島南部的頻繁貿易往來，也必然帶動處於兩者之間的台灣的商品交易。在菲律賓南部出土的宋代青瓷，也同樣見諸於進入學者所稱的「原史時代」中前期的台灣。在十六世紀初期葡萄牙人占領馬六甲王國後取得的包括了澎湖島與台灣輪廓地圖在內的數張珠江口地圖素描，說明了過去少為學者研究到的歐洲人海上東來前這一環繞東亞的海上貿易，也應是台灣史研究的重要內涵。
同樣重要的是，在二十年前《大航海時代的台灣》面世時，此前學界對東亞進入「大航海時代」後，到一六二四年荷蘭人占台為止的漢人在台活動，所知並不多。考古成果和新史料的陸續發現，無疑填補了這一段空白，不僅幫助我們瞭解到這一時期，隨著澳門的開埠與漳州月港的相應開放海禁，先住民與漢人的貿易開始出現了數量不少的漳州窯青花瓷等器物的內涵，也讓我們對台灣開始脫離原始交易社會型態，成為明中期至後期閩粵之民頻繁進出之地的轉變進程，有了比較清楚的認知。
大體來說，這個進程是一種漢人來台團夥從海上亡命向跨國經營轉型的蛻變。
一五五七年澳門開埠，大明王朝的東南產生了驚天巨變，官宦大戶組成的利益集團和草民中自發生成的海上群雄活躍於從閩粵交界處到澳門的海域。先有吳平、許朝光、林道乾、諸良寶、曾一本、林鳳，後有袁進、李新(又名李忠、洪武老）、劉香、林辛老、林謹吾（林錦吾）等集團，以及最後從日本歸來的李旦、顏思齊與鄭芝龍等勢力與明水師官兵周旋，以澎湖、台灣為基地，將台灣進一步納入了以漳州窯（即後來的出口青花瓷）和絲綢為主要內容的新興環中國、日本和東海海域的國際貿易圈。不數年，這個貿易圈又隨著月港海禁的解除和西班牙人的占領馬尼拉，擴大而為環南海貿易圈。
直到荷蘭人占據台灣以前數年，這些活躍於中國東南海域的漢人海上武裝力量的活動範圍及於基隆、淡水、笨港、魍港、赤崁等地，對台灣早期開發的格局，起到了決定性的作用。
考古發現，這一時期台灣西南平原先住民西拉雅文化區開始輸入大量非本地生產的陶器，並出現以當時主要產於明代客家原鄉平和縣等地的漳州窯為主的青花瓷餐飲用碗、盤、杯等，說明了漢文化開始對台灣的深度滲透。
大陸學者和文史研究者陳小沖和涂志偉的研究表明，最晚到一六一七年，也就是李旦勢力開始利用台灣從事轉口貿易的前一年，漳州漳浦趙家堡家族任明水師軍官的趙如思（趙秉鑒），顯然是在福建官方默許下，利用在台灣北港坐擁一方並已打開了對日和對大陸三角貿易的林謹吾的勢力，在今台南赤崁城所在地建造了一座簡易城堡，擬將之作為其在台灣開建新基地之用。時間上比荷蘭人在一六五三年就地所建普羅民遮城（Proventia）的年代，早了三十幾年。
這些從十六世紀轉型到十七世紀初台灣先住民與漢人開始規模交易接觸的歷史，是本書最早出版時尚未發掘的重要史料，故利用再次出版的時機，補上其輪廓，以供讀者參考。

湯錦台
2021.3.14

推薦序
作者序
再版序
第一章 西洋人到來以前的台灣社會
第二章 衝破海禁的閩南人 馬尼拉的華人╱在長崎、平戶的閩南私商╱出沒台灣海峽的武裝集團
第三章 佛朗機人來了 明朝丟掉了澳門╱在澳門的福建商人╱西洋火器傳到了日本╱初見美麗之島
第四章 從太平洋過來的西班牙人 從墨西哥到馬尼拉的海上通道╱處在西、日摩擦夾縫中的台灣╱「聖地牙哥號」的悲劇
第五章 南向政策下的日本 肥前藩有馬晴信勢力的南下╱村山等安遠征台灣╱日本的鎖國

第六章 後來居上的荷蘭人 荷蘭東印度公司的成立╱初臨澳門╱荷印公司總督科恩其人與荷蘭海外帝國的建立╱二占澎湖擄掠漳州、廈門╱撤澎湖，退守大員
第七章 鄭芝龍的興滅 自立門戶╱周旋在荷蘭人與明朝官員之間╱殞滅

第八章 荷蘭人統治下的台灣
對外貿易╱島內的征討與擴張╱基督教的傳播和先住民的治理╱漢人大批來台╱西班牙人的北部占領╱走入歷史

第九章 鄭荷對決，星落南天
對峙╱對決前夕╱決戰╱將星殞落 台灣歸清

第十章 歷史的對比，歷史的反思
荷蘭人對紐約的治理╱荷蘭了留下了什麼╱歷史的反思╱歷史的未完結篇

附錄 台灣是怎樣從史前進入大航海時代的
史前台灣的環南海貿易╱接近尾聲的台灣史前期╱打開台灣大門的閩奧海上私商╱赤崁城真正的奠基人╱結語

年表

第四章 從太平洋過來的西班牙人（摘錄）
處在西、日摩擦夾縫中的台灣

馬尼拉成為全球貿易的中心以後，形成了一個華洋雜處的社會，中國商人和船員不斷從閩粵兩省湧入。另外還有大批日本人到來，從事日本對西班牙人的貿易。到明朝光宗泰昌元年（一六二○）時，這裡已經有了兩萬名菲律賓人、一萬六千名華人、三千名日本人。相對的，由於殖民地幅員的分散和人口的短缺，居住在馬尼拉的西班牙人只有二千四百人而已。人數上的劣勢使得西班牙統治者長期處在不安全的感覺之中，不僅對中國人如此，造成了數次大屠殺，而且對日本人也更是提心吊膽，從而促成了他們有意取得台灣，從地緣優勢上防止馬尼拉受到日本攻擊的意圖。
在西班牙人到達馬尼拉之前，日本人就已經到了菲律賓。明朝嘉靖年間，流竄中國沿海的倭寇顯然有一部分到了呂宋島。在西班牙人抵達馬尼拉不久，他們驚訝地發現，呂宋島東北部的卡加延河（Cagayan River）的河口住有一些日本人。這些日本人不久都被集中到馬尼拉與華人比鄰而居。
萬曆十年（一五八二），一位西班牙船長從澳門出航，途中經過台灣海峽，聽到船上的中國船員這樣描述被西班牙人稱為Hermosa的台灣：「島上的人民經常駕駛小舟，攜帶小鹿、鹿皮、沙金和精細工藝品，運往中國海岸。」萬曆十四年（一五八六），為了傳教和保護菲律賓的安全，西班牙人建議菲利普二世出兵占領台灣。
萬曆十八年（一五九○），豐臣秀吉向葡萄牙駐印度果阿總督發出國書，要他入貢。萬曆二十一年（一五九三）又遣部屬原田孫七郎前往菲律賓要西班牙總督進貢，並在經過台灣時叫「高山國王」納貢。豐臣的舉動，引起了西班牙人的警惕。
一五九六年，另一艘從馬尼拉前往墨西哥阿卡普科的西班牙貿易船「聖菲利普號」（San Felipe）漂到了日本四國島的土佐國（今高知縣），船上的貨物立即被豐臣秀吉下令沒收。這條船的領航員因為自己的貨物也在被沒收之列，相當不滿，傳說曾揚言西班牙將要征服日本。在日本官員進一步詢問西班牙如何征服海外殖民地時，他又誇稱過程相當簡單，首先是派出傳教士，接著是派出軍隊，最後才是貿易商。這種說法激怒了豐臣秀吉，下令在日本全面禁教，有二十六名教徒被處死。
豐臣秀吉的舉動使西班牙和日本的關係頓時緊張起來。「聖菲利普號」的船長藍德喬（Mathos de Landecho）回到馬尼拉後，向新任總督古佐曼（Francisco Tello de Guzoman）建議占領台灣一個港口，作為進攻日本的前進基地。古佐曼本人這時也向菲利普二世上疏指出，日本人有攻取台灣的可能。恰好前任總督達斯馬里納斯（Don Luis Dasmarinas，也就是一五九四年被一位中國船員刺殺的總督的兒子）從日本西班牙傳教士處獲悉豐臣秀吉有意占領台灣的情報，更深感台灣的重要性，於是在一五九七年六月二十七日的最高軍事會議上，力主派遣遠征軍進兵台灣。
這些征台之議終於醞釀成熟，萬曆二十六年（一五九八）夏天，在薩瑪第奧（Don Juan de Zamadio）的率領下，兩艘兵船，共有兵員兩百多人，從菲律賓出發往征台灣，但是剛好碰上季風季節轉換，啟程後遇到逆風，無功而返。不久，豐臣秀吉病死了，繼起的德川家康鼓勵日本人對外通商，日本和西班牙人的關係又告緩和下來，西班牙人的第一次征台之議也就無形中被打消了。
但是，這時東亞的局勢已告丕變。在即將進入十七世紀的一六○○年（明萬曆二十八年）十月，荷蘭人范努爾特率領的一支艦隊，循著西班牙人的航道，從太平洋的彼岸悄悄來到了菲律賓，兩個月後在馬尼拉港擊沉了升船待發等待返回墨西哥的西班牙船「聖地亞哥號」（San Diego）。一個由荷蘭人加入角逐東亞貿易和霸權的時代，為十七世紀的到來揭開了序幕！

第六章 後來居上的荷蘭人（摘錄） 撤澎湖，退守大員

時序進入天啟三年（一六二三）夏天。新的福建巡撫南居益來到了福州。此公與商周祚主和的態度截然不同。他一上任就積極謀求痛擊荷蘭人，「痛心切齒，毅然以必誅紅夷為己任。」強將手下無弱兵，當時廈門等地也聚集了一批能征慣戰、善於水戰的將士，以戰驅敵的氣氛瀰漫在金門、廈門海域。
就在南居益上任的同時，五艘荷艦組成的荷蘭人增援艦隊在法蘭斯尊（Christian Franszoon）的率領下，也來到了澎湖。九月底，南居益下令沿海實施戒嚴。十月二十五日，雷約茲命令法蘭斯尊率領五艦出發占領漳州河（即從漳州出海的九龍江主要支流西溪），阻止任何中國帆船前去馬尼拉，並要求獲得在中國自由貿易的權利。雷約茲的書面命令明示，如果中國拒絕答應這些條件，就從海陸兩面對中國宣戰。
法蘭斯尊的艦隊開到漳州港後，透過自願擔任中間人的一位中國商人和這位商人引薦的一位「隱士」的斡旋，向中國方面發出了要求通商的通牒。南居益將計就計，與總兵謝弘儀密商，詐許荷蘭人來到鼓浪嶼。法蘭斯尊果真率領兩艘船隻在十一月十四日駛入廈門。十七日，謝弘儀邀請法蘭斯尊等人上岸簽協議，在府衙設宴時一舉將法蘭斯尊一行約三十人擒獲。同時，中國軍士又帶著有毒的酒到荷人船上供荷蘭士兵食用，但被荷蘭人識破。過了半夜，守備王夢熊突然帶領五十艘火船攻擊荷船，其中一艘爆炸沉沒，另一艘著火後火勢被撲滅。
這一役，使荷蘭人受到了重大的打擊，計被擒五十二人，被殺八人，後來法蘭斯尊等人被押赴北京，處死於西市。雷約茲經此打擊，雖欲報復，但有心
無力，只好留在澎湖度過在中國的第二個聖誕節（荷蘭人當時的聖誕節是每年的十二月六日）。可是，此時南居益已準備乘勝追擊，不顧寒冬臘月，下令屬下加緊在漳州、泉州一帶操練水師。
天啟四年（一六二四）正月初二（陽曆二月八日），就在漳、廈百姓沉浸在過年的歡樂氣氛的時候，「守備王夢熊諸將士……繇吉貝（澎湖最北端島嶼）突入鎮海港（白沙島東面），且擊且築，壘一石城為營，屢出奮攻，各有所獲。夷退守風櫃一城。」
接著，南居益又發動第二次進軍。荷蘭人還是固守風櫃城不走。六月二十二日，前征討倭寇名將俞大猷的兒子俞咨皋率第三梯次抵達娘媽宮（今馬公）。二十四日在娘媽宮前跨海用火砲對準了荷蘭人，形成了包圍的態勢。風櫃城三面臨海，僅背面通澎湖本島各地，為防明軍從陸上進攻，在蒔上澳挖掘深溝，俞咨皋命準備火舟，散布風櫃、岸上和蒔上澳四周，荷蘭人打水和打柴都全被禁絕。
雷約茲在中國人的包圍下，向巴達維亞總部發出了求援的信函，並要求允許撤出澎湖。這時科恩總督已經離任回國，繼任總督是卡本特。就在俞咨皋抵達澎湖當天，接替雷約茲的荷蘭艦隊司令宋克博士奉卡本特之命從巴達維亞出發，於八月一日來到了澎湖。是時，聚集在白沙島的明軍人數已達四千人，船隻一五○艘。到八月中旬，又增加到一萬人，船隻二百艘。宋克不得不派人求見俞咨皋，要求舉行談判。
就在荷蘭人被困，是戰是降舉棋不定的時候，住在平戶的大商人李旦卻突然出現在風櫃城裡。早幾年李旦與荷蘭人在日本長崎、平戶就已經建立了商務關係，在台灣與日本、福建的三角貿易中也早已是一方之霸。他的出現，有生意上的考量，也有他與荷蘭人的特殊關係，更有他為中國官方從事刺探荷人實力和進行斡旋的任務。總而言之，他是面面俱到，公私兼顧。
在荷蘭人從澎湖撤到台灣以後，南居益曾經向皇帝上疏追憶俞咨皋向他提過的計策說，泉州人李旦久居日本，應扣押他的親信許心素的兒子為人質，再由許心素出面勸諭李旦為朝廷所用，離間前往澎湖與荷蘭人交易的日本人，只要日本人不到澎湖交易，荷蘭人的對華、對日三角貿易受到影響，孤立無援，自然會退出澎湖。
李旦果然為俞咨皋所用，相機行事，出面斡旋荷蘭人從澎湖移占台灣。八月十五日，明軍完成了三路進攻的準備，十六、十七日左右，李旦奉命來到了風櫃城。他向荷蘭人提出的方案是，荷蘭人必須撤離澎湖，但是當局允許他們到台灣與中國進行貿易。八月十八日，荷蘭人評議會決定撤離；二十二日與俞咨皋簽訂了協議，同意在二十天內退到台灣；二十六日荷人開始拆城，運米下船，但因東門大樓三層為雷約茲（南居益在奏捷疏中稱他為「高文律」，為荷語commandeur，即司令官的對音）原居處，不忍拆除，南居益督促王夢熊等直抵風櫃城，強行拆毀，於是載著兵員和文職人員的十三艘荷船，開始向著東南方向數十浬外的大員緩緩駛去，結束了他們對澎湖的第二次占領。總計，荷蘭人這次占有澎湖共兩年又一個半月左右。

第七章 鄭芝龍的興滅（摘錄）
周旋在荷蘭人與明朝官員之間

回到了福建的鄭芝龍，等於是放棄了長期在台灣生根的打算，但是在開始享受榮華富貴的生活之餘，他與台灣的關係並沒有切斷，壟斷對日和對台灣的貿易一直是他的追求目標，他必須繼續與荷蘭人周旋。
另一方面，他又以保護中國航船的名義，向過往台灣海峽的船隻抽取保護費，他必須大力維持海上貿易的安全繁榮，才能穩定收入來源，以供自己和手下的眾多兄弟花用。但是由於大部分中國商船都是販貨到澳門和馬尼拉，與荷蘭人的死對頭葡萄牙人和西班牙人交易，沒有官方的許可，船隻不會自動來到台灣，荷蘭人的不滿是可想而知的。怎樣滿足荷蘭人的通商要求，也成了他這個亦盜亦官夾在荷蘭人與明朝官方之間的特殊人物的新課題。
原來荷蘭人從澎湖撤退到台灣以後，本想中國方面履行雙方的協議，定期派遣船隻到台灣進行交易。但是，這個願望落空了。透過李旦留在廈門的代理人許心素向中國官方行賄，他們總算被默許用走私方式偷偷交易，從許心素處取得了一些貨品。可是這種交易方式並不是荷蘭人所想要的。
崇禎元年（一六二八）年初，科恩又由荷蘭回到了巴達維亞，第二度擔任東印度公司的總督。他向剛上任不久的第三任台灣長官訥茨發出了嚴格的訓令，要他用武力打開與中國的貿易。訥茨給公司人員的一封信中抱怨說，頭年十月他的前任韋特輕舉妄動，在福建巡撫書面允諾呈請皇帝准許貿易後，配合明軍派出了艦隊，前往東山島去攻擊「海賊」一官（即鄭芝龍），結果卻吃了大敗仗。信中又說，韋特在遭受鄭芝龍的猛烈回擊後，不發一砲，率領兩艘艦逃回了爪哇。
鄭芝龍在盛怒之下，動員千艘帆船，捕獲了荷蘭人的兩艘大船，逮捕了八十五名荷蘭船員和扣押了大批貨物。不久，鄭芝龍又攻入廈門，劫走了荷蘭人派到泉州許心素處運貨的一艘船隻和一艘快艇「西卡佩爾號」（West Kappel），並趁機把抓獲的許心素處死，掃除了李旦手下唯一能夠與他對抗的一個心頭大患。 明朝官員拉攏荷蘭人夾擊新興海上武裝集團的失利，使鄭芝龍坐大了，但也使他與荷蘭人的關係一下子惡化起來。
然而，這時的鄭芝龍不願兩面受敵，為了緩和與荷蘭人的關係，他在荷蘭人的請求下，主動歸還了「西卡佩爾號」。
在科恩總督的嚴厲訓令下，新任台灣長官訥茨加緊了武力打開中國貿易的行動。可是鄭芝龍仍舊是不能不對付的強硬對手。於是他在一六二八年八月二十一日率領九艘荷船來到了廈門，向鄭芝龍故意示好，雙方見了面。幾天後，卻騙得鄭芝龍上了他的座艦「特克塞爾號」，將他逮捕。鄭芝龍在脅迫之下，與訥茨簽訂了為期三年的貿易協定。
面對荷蘭人的壓力，鄭芝龍一六二八年年底接受明朝招撫；次年年底，因李魁奇叛變，他逃往福州。又次年（一六三○）二月，聯合荷蘭人及明朝官兵殲滅了李魁奇。接著在該年年底又擊敗了還控制著廈門的叛將鍾斌，廈門重歸鄭芝龍掌控。鄭芝龍為了報答荷蘭人在這些行動中的合作，向前往其安海府邸交涉的首席荷蘭人商務員說，已從官方取得允許商人前往大員通商的六張通行證。
由於福建當局嚴厲執行海禁，普特曼斯在一六三三年四月重返巴達維亞，取得東印度公司新總督布勞維爾（Hendrick Brouwer）的許可，準備對中國發動攻擊。這年七月十二日，荷蘭人又倒向鄭芝龍的對手劉香那一邊，在劉香的幫助下，趁著剛剛追剿劉香回到廈門的鄭芝龍沒有戒備，發動了對廈門的突襲，擊沉、燒燬了港內鄭芝龍和明朝官兵的二、三十艘大戰船，這些戰船都配備完善，船上架有十六、二十甚至三十六門大砲。另外還沉毀了二十到二十五艘其他大小戰船。事後，廈門官員找人與荷蘭人疏通，表示願意通知廈門、金門、烈嶼、鼓浪嶼及附近各島的百姓送上二十五頭牛、二十五隻豬和一百隻雞，希望荷蘭人不要再傷害百姓，使他們可以繼續安心耕種。
鄭芝龍寫信質問普特曼斯，他回信說：「我們唯一的目的，只是要繼續在漳州河、安海、大員與巴達維亞，跟所有人自由交易。」他還提出了講和的條件：在鼓浪嶼建造一所堅固的建築物，使荷蘭人能在那裡進行交易；八到十個人能同時在海澄、漳州、安海、泉州及其他地區無礙自由通行買賣；船隻不受干擾地在鼓浪嶼、廈門、烈嶼、浯嶼和其他優良停泊處停泊；中國帆船不許再前往馬尼拉、雞籠（西班牙人占領地）或其他荷蘭人敵人的地方，只許前往巴達維亞。
九月，普特曼斯與劉香人馬在大員匯合，準備進攻鄭芝龍，鄭芝龍全力反擊，舟發海澄，誓師進兵，不久在澎湖焚燬荷船一艘，生擒荷將一名，並溺死荷兵數百。十月二十二日，明軍一五○艘左右的帆船（其中五十艘為特大戰船）在金門料羅灣與荷蘭大船九艘、劉香船五十多艘遭遇。鄭芝龍報仇心切，奮勇當先，運用鐵鉤鉤住敵船縱火焚燒戰術，共焚燬荷蘭快艇一艘，並捕獲另一艘快艇，明軍大獲全勝。劉香臨陣逃脫，普特曼斯狼狽退回台灣。
這一仗顯露了鄭芝龍的水師實力，也奠定了鄭芝龍稱雄閩海的基礎。普特曼斯受此重創之後，只得又與鄭芝龍修好。閩台之間的貿易因新任福建巡撫沈猶龍的上任而開始恢復。巴達維亞方面也認為荷蘭船隻並無前往中國沿海港口交易停泊的必要，大員商館被定位為採購中國商品的主要基地。荷蘭人在一個住在熱蘭遮城的同安商人林亨萬的居間協調下，與中國的貿易開始興旺起來，林亨萬和其他商人的船隻源源開到台灣。
不過，這時的閩台貿易，主要還是掌握在鄭芝龍手中，到大員貿易的商人必須對鄭芝龍行賄巴結。林亨萬曾經向荷蘭人抱怨，他帶著很多禮物到安海晉見鄭芝龍，因為被嫌棄禮物太少，而見不到面，必須再增加一半的禮物，才能在兩、三天後見到他。在向鄭芝龍匯報了台灣的情況後，林亨萬被命護送鄭芝龍底下的一名小官回鄉下老家，又花掉了他將近一年半在台灣賺到的錢。
然而，對荷蘭人的一個沉重打擊是，他們的代理人林亨萬在當年乘船離台回大陸時，在十一月三日於澎湖附近遭遇暴風雨，全船三○五名乘員，除十四名中國人和九名黑奴借助於船板、木片而得救外，其餘全部淹死，林亨萬本人也隨船遇難。隨著船隻沉掉的還有滿船的貨物、南洋香料和八千四百七十七斤象牙，總值一百萬荷盾。林亨萬的死，使荷蘭人少了一個多年信任能在鄭芝龍和其他中國商人中間居間協調採貨的商人。
公元一六三八年，日本在島原之亂後，開始鎖國，只准荷蘭船隻和中國帆船進出日本。鄭芝龍利用這個機會趁勢擴大他的貿易網。一六四○年他透過林亨萬，要求荷蘭人讓他用自己的錢，使用東印度公司的船隻運載二十萬荷盾價值的貨物到日本；為此，他將供應東印度公司運往日本、荷蘭和東印度地區價值最多達一百到一二○噸黃金的貨物。同時他也開闢了由福建安海直通長崎的航線，把中國貨物直銷日本，並與澳門的葡萄牙人祕密合作，幫助已經無法對日通商的葡萄牙人把澳門的貨物運往日本，再把日本的貨物運到呂宋，賣給西班牙人。在明朝滅亡前後，直到他投降滿清為止的十年時間裡，掛著鄭氏旗號的中國商船絡繹於大陸沿海、日本、台灣、呂宋、澳門及東南亞各地。華船進出日本的數字比荷蘭船多出七至十一倍之多，其中大部分都是屬於鄭芝龍的。